目前学校现有34个一级学科(含交叉学科)博士学位授予点,4个一级学科硕士学位授予点;7个博士专业学位授予点,15个硕士专业学位授予点。在国家公布的“双一流”建设名单中,学校入选一流大学建设高校(A类),数学、物理学、化学、天文学、地球物理学、生物学、科学技术史、材料科学与工程、计算机科学与技术、核科学与技术、安全科学与工程共11个学科入选一流建设学科。学校有8个一级学科国家重点学科、4个独立的二级学科国家重点学科、2个国家重点(培育)学科、18个安徽省一级重点学科。
通过学科基地的重点建设,中国科学技术大学形成了龙头学科与支撑学科、传统学科与前沿学科、 基础学科与应用学科并存、互长的良性学科生态环境,为高水平的研究生教育奠定了坚实的基础。